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将台式机上的NDNSIM1.0(包含实验脚本和转发策略代码)移植到Mac上的问题

Overview 这篇文章是我很久之前移植NDNSIM1.0时的笔记,最早想从台式机的Ubuntu 12.04上移植到别的机器的Ubuntu上,都会出现各种编译问题,一直没能成功,之后想在Mac上做实验,所以下决心把台式机中的NDNSIM 1.0的源代码移植到Mac上,主要遇到了以下问题,做了一下记录,以备以后查看。这个移植应该不只是移植到Mac上的方法,而是适用所有Ubuntu系统的。 ...阅读全文>>

Typecho文章评论时评论者头像引发的性能问题

Overview 最近在阅读博客中的文章时发现一个奇怪的现象,就是有评论的文章加载速度特别慢,代码块的颜色渲染也要等很久才能显示出来。这让我很困惑,因为我将代码块高亮渲染的代码也放在了本地。最初我以为是代码块中的代码太多,导致渲染时间久。后来发现只有有评论的文章才会出现这种情况,使用了Chrome发现,有评论的页面会出现http://www.gravatar.com/avatar/####...阅读全文>>

Typecho博客的速度优化

Overview 由于在写笔记的时候会用到公式,因此使用了一个插件MathJax,可以很漂亮显示公式,但是发现用了这个插件之后,有公式显示的页面加载特别慢,使用Chrome查看了链接请求,发现了问题所在:这个插件会请求 cdn.mathjax.com 上的js代码,而 cdn.mathjax.com 的服务器非常不稳定,因此经常需要等待很久,网页才能正常显示。 好在因为Chrome会缓存j...阅读全文>>

DISOPRED的安装和使用

Overview DISOPRED是一个蛋白质内部非结构区域的预测软件,使用DISOPRED,我们可以很方便地得到一个蛋白质序列的非结构区域信息,能够为蛋白质特征分析提供更多的信息。 1.DISOPRED的下载 去http://bioinfadmin.cs.ucl.ac.uk/downloads/DISOPRED/这里就可以下载各个版本的DISOPRED,这里我们下载最新版本的DISOPR...阅读全文>>

BLAST的一些坑

Overview 因为在使用PSIPRED和SCRATCH都使用到了BLAST,安装和使用的过程中遇到了一些问题,这里主要记录下BLAST安装和使用过程中遇到的一些问题,并没有详细记录完整的BLAST安装和使用说明,毕竟还没有直接使用BLAST,等用到的时候再详细记录。 BLAST,全称Basic Local Alignment Search Tool,即“基于局部比对算法的搜索工具”,...阅读全文>>

SCRATCH的安装和使用

Overview 在对氨基酸序列进行机器学习建模时,需要对氨基酸序列做特征提取,越丰富的特征通常可以带来越精准的预测结果,因此可以由原始的氨基酸序列预测出蛋白质的2级结构,水溶性等,丰富特征提取时的特征。 SCRATCH作为UCI开发的一个套件包,提供了多种不同的蛋白质预测功能,这些预测器被打包成一个集成的套件安装包SCRATCH-1D (SCRATCH Suite of One-Dime...阅读全文>>

PSIPRED的安装和使用

Overview 在对氨基酸序列进行机器学习建模时,需要对氨基酸序列做特征提取,越丰富的特征通常可以带来越精准的预测结果,因此可以由原始的氨基酸序列预测出蛋白质的2级结构,水溶性等,丰富特征提取时的特征。 PSIPRED作为一个常用的蛋白质二级结构预测工具,常见于各种蛋白质序列的预测论文中,这里主要记录一下PSIPRED的安装和使用。 其实PSIPRED官方的README文档已经很清楚了...阅读全文>>