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将台式机上的NDNSIM1.0(包含实验脚本和转发策略代码)移植到Mac上的问题

作者：Chris | 时间：October 3, 2015 | 分类：Named Data Networking | 评论：0 评论

Overview 这篇文章是我很久之前移植NDNSIM1.0时的笔记，最早想从台式机的Ubuntu 12.04上移植到别的机器的Ubuntu上，都会出现各种编译问题，一直没能成功，之后想在Mac上做实验，所以下决心把台式机中的NDNSIM 1.0的源代码移植到Mac上，主要遇到了以下问题，做了一下记录，以备以后查看。这个移植应该不只是移植到Mac上的方法，而是适用所有Ubuntu系统的。 ...阅读全文>>

Typecho文章评论时评论者头像引发的性能问题

作者：Chris | 时间：October 3, 2015 | 分类：Typecho相关 | 评论：0 评论

Overview 最近在阅读博客中的文章时发现一个奇怪的现象，就是有评论的文章加载速度特别慢，代码块的颜色渲染也要等很久才能显示出来。这让我很困惑，因为我将代码块高亮渲染的代码也放在了本地。最初我以为是代码块中的代码太多，导致渲染时间久。后来发现只有有评论的文章才会出现这种情况，使用了Chrome发现，有评论的页面会出现http://www.gravatar.com/avatar/####...阅读全文>>

Typecho博客的速度优化

作者：Chris | 时间：October 2, 2015 | 分类：Typecho相关 | 评论：3 评论

Overview 由于在写笔记的时候会用到公式，因此使用了一个插件MathJax，可以很漂亮显示公式，但是发现用了这个插件之后，有公式显示的页面加载特别慢，使用Chrome查看了链接请求，发现了问题所在：这个插件会请求 cdn.mathjax.com 上的js代码，而 cdn.mathjax.com 的服务器非常不稳定，因此经常需要等待很久，网页才能正常显示。好在因为Chrome会缓存j...阅读全文>>

DISOPRED的安装和使用

作者：Chris | 时间：September 25, 2015 | 分类：生物信息 | 评论：4 评论

Overview DISOPRED是一个蛋白质内部非结构区域的预测软件，使用DISOPRED，我们可以很方便地得到一个蛋白质序列的非结构区域信息，能够为蛋白质特征分析提供更多的信息。 1.DISOPRED的下载去http://bioinfadmin.cs.ucl.ac.uk/downloads/DISOPRED/这里就可以下载各个版本的DISOPRED，这里我们下载最新版本的DISOPR...阅读全文>>

BLAST的一些坑

作者：Chris | 时间：September 21, 2015 | 分类：生物信息 | 评论：0 评论

Overview 因为在使用PSIPRED和SCRATCH都使用到了BLAST，安装和使用的过程中遇到了一些问题，这里主要记录下BLAST安装和使用过程中遇到的一些问题，并没有详细记录完整的BLAST安装和使用说明，毕竟还没有直接使用BLAST，等用到的时候再详细记录。 BLAST，全称Basic Local Alignment Search Tool，即“基于局部比对算法的搜索工具”，...阅读全文>>

SCRATCH的安装和使用

作者：Chris | 时间：September 17, 2015 | 分类：生物信息 | 评论：1 评论

Overview 在对氨基酸序列进行机器学习建模时，需要对氨基酸序列做特征提取，越丰富的特征通常可以带来越精准的预测结果，因此可以由原始的氨基酸序列预测出蛋白质的2级结构，水溶性等，丰富特征提取时的特征。 SCRATCH作为UCI开发的一个套件包，提供了多种不同的蛋白质预测功能，这些预测器被打包成一个集成的套件安装包SCRATCH-1D (SCRATCH Suite of One-Dime...阅读全文>>

PSIPRED的安装和使用

作者：Chris | 时间：September 17, 2015 | 分类：生物信息 | 评论：4 评论

Overview 在对氨基酸序列进行机器学习建模时，需要对氨基酸序列做特征提取，越丰富的特征通常可以带来越精准的预测结果，因此可以由原始的氨基酸序列预测出蛋白质的2级结构，水溶性等，丰富特征提取时的特征。 PSIPRED作为一个常用的蛋白质二级结构预测工具，常见于各种蛋白质序列的预测论文中，这里主要记录一下PSIPRED的安装和使用。其实PSIPRED官方的README文档已经很清楚了...阅读全文>>