Overview 在CKSAAP(Compositon of k-spaced Amino Acid Pairs)方法中，利用在蛋白质序列片断中k个间隔距离的残基对(residue pairs)在该序列中的组成比例，建立数学模型，提取出特征向量，从而达到预测泛素(Ubiquitin)的目的。 残基(residue)和泛素(Ubiquitin)信息详见维基百科：残基和泛素，这里就不赘述了。 ...阅读全文>>

蛋白质序列处理程序之前得到的数据源太乱，这些天整理并重新摆放了一下，每一步的输入文件夹后缀都有一个-in，处理程序文件夹后缀为-run，输出文件夹后缀为-out，这样条理清晰了很多，今日记录，以方便日后查阅使用。 数据处理部分共分5步： 下载并分类(set class) 多步CD-hit 正负样本1:1平衡(Dataset balance) 特征计算(feature calculation...阅读全文>>

该步骤为数据处理的第(4)步，共包含6小步。 其中前三步： 1. AAC,Amino acid composition(AminoAcidC.py) 2. SEQ,Sequence(Seq.py) 3. eft3,amino acids combination properties(involving kmp algorithm)(Eft3.py) 这前三步用到feature_calc.s...阅读全文>>