Overview 我在之前写的一篇博客中谈到整理那些混乱的数据源，发现有pssm fts文件夹中的子文件夹和文件并不清楚来龙去脉，这个问题困扰了我一段时间。最近在研究PSSM算法时，与Chris交流了一下，恍然大悟：这个文件夹中的t3pssm,t4pssm,t6pssm三个子文件夹中的形如t6_12.pssm的文件族，是由t3,t4,t6这三个文件夹中的形如t6_12.fasta的文件族经...阅读全文>>

Overview PSSM算法是生物信息学领域中的一个常用算法，全名“位置特异性打分矩阵(position-specific scoring matrix)”，又称作"位置比重矩阵(position weight matrix)".有关该方法更多的细节，详见维基百科Position weight matrix.本文仅阐述其设计思想，实际项目的例子将在另一篇文章中进行介绍...阅读全文>>

Overview 在CKSAAP(Compositon of k-spaced Amino Acid Pairs)方法中，利用在蛋白质序列片断中k个间隔距离的残基对(residue pairs)在该序列中的组成比例，建立数学模型，提取出特征向量，从而达到预测泛素(Ubiquitin)的目的。 残基(residue)和泛素(Ubiquitin)信息详见维基百科：残基和泛素，这里就不赘述了。 ...阅读全文>>