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蛋白质序列特征提取方法之——CKSAAP

Overview 在CKSAAP(Compositon of k-spaced Amino Acid Pairs)方法中,利用在蛋白质序列片断中k个间隔距离的残基对(residue pairs)在该序列中的组成比例,建立数学模型,提取出特征向量,从而达到预测泛素(Ubiquitin)的目的。 残基(residue)和泛素(Ubiquitin)信息详见维基百科:残基和泛素,这里就不赘述了。 ...阅读全文>>

将台式机上的NDNSIM1.0(包含实验脚本和转发策略代码)移植到Mac上的问题

Overview 这篇文章是我很久之前移植NDNSIM1.0时的笔记,最早想从台式机的Ubuntu 12.04上移植到别的机器的Ubuntu上,都会出现各种编译问题,一直没能成功,之后想在Mac上做实验,所以下决心把台式机中的NDNSIM 1.0的源代码移植到Mac上,主要遇到了以下问题,做了一下记录,以备以后查看。这个移植应该不只是移植到Mac上的方法,而是适用所有Ubuntu系统的。 ...阅读全文>>