BioPerl(一):安装BioPerl

Overview 今天闲暇之余,看到了一篇关于BioPerl的博客 初品BioPerl(第三篇:从本地文件中获取fasta序列),发现BioPerl可以让很多事变得简单,fasta格式处理起来也事半功倍。 其实宋老师之前已经跟我提过BioPerl了,只不过我一直以任务为导向,觉得perl脚本就够处理,所以一直也没去了解。好东西自然马上就要用起来,我也马上装上了BioPerl,这里记录下来B...阅读全文>>

部署PhosphoPrediction

Overview 因为投稿论文的需要,我们要把PhosphoPrediction部署到Monash的云服务器(Ubuntu 14.04.3 LTS (GNU/Linux 3.13.0-74-generic x86_64))上,在宋老师申请了云服务器之后,Jerico帮忙搭建好了云服务器,帮我们装好了JDK1.8,并给了我访问权限,在部署的过程中遇到了一些问题,在这里记录一下。 1. ssh...阅读全文>>

Hibernate总结

Overview 这里只是总结一下secretepdb这个项目用到的Hibernate的特性,Hibernate本身细节极其多,不太可能全部记得下来,也没有必要去记,用到的时候去查就可以了,而且Hibernate的设计也都是很符合常理的,所以用正常的思维去想,一般都能理得顺。 1. 初识Hibernate 阅读全文>>

Javamail应用

Overview 本文主要参考了javamail发送邮件的简单实例这篇文章。 最近和Chris在做secretepdb这个项目时,用到了发送邮件这一功能(需要用到mail.jar这个包)。经过Chris指点和自己查阅资料,还是比较顺利地完成了这一模块,特此记录一下。 该模块包含3部分:发送器(SimpleMailSender),验证器(MyAuthenticator)和action。其中发...阅读全文>>

Struts集成Ajax实现异步通讯

Overview secretepdb这个项目需要展现一些统计图表,我们使用了google的gchart,图表的数据源从数据库异步获取。这里就用到了Struts2和Jquery Ajax的集成。本身都是很规范的东西,应该不会出什么问题,但是特定条件下里面有个坑,在这里梳理一遍。 既然是Struts2跟Ajax集成,肯定也会用到Struts2本身的一些东西,可以先看看我之前写的:Struts...阅读全文>>

Struts2总结

Overview 最近我跟Young在开发secretepdb这个项目时,遇到了很多跟Struts2和Hibernate相关的问题,在这里记录Struts2的相关信息和问题。其实Young在 PhosphoPrediction项目总结 已经总结了Struts2的很多东西,再写一篇是想把所有相关的写在一起,方便参考。 1. Struts2的配置 先去 Struts2官网 上下载一个完整的包,...阅读全文>>

MySQL相关问题

Overview 今天跟Young在做secretepdb这个项目时,需要使用Hibernate连接数据库,为了方便一起开发,就直接连接了我们在阿里云服务器上的MySQL,遇到了一些问题,有些是本地数据库和远程数据库的共性问题,有些则是连接远程数据库才会遇到的问题,在这里记录,以便共享和以后查阅。 1. MySQL安装 在Ubuntu上,使用如下命令安装: sudo apt-get ins...阅读全文>>

编程札记(一)

Overview 之前跟Young一起做上一个项目时,遇到和解决了很多小的但是又很常见的编程问题,做完项目想总结一下的时候又发现这是一系列问题,没有太多明确的界限,又好像存在于编程的每一个细节中,我觉得应该统称为编程的基础。 一直说要写,可总觉得无从下笔。现在下决心尝试一下,想到哪里就写到哪里吧~ 1. 计算机的结构 现在的计算机依然采用的是冯·诺依曼提出的计算机体系结构。计算机由控制器、...阅读全文>>

PhosphoPrediction项目总结-前端

Overview PhosphoPrediction这个项目是我们两个开发的第一个项目,整体进度比较快,但是因为是第一次,很多小细节花了不少的时间,当然,每一次细节的修改都有新知识的补充。 这里我主要记录下前端的一些知识点以备后面项目使用。 1. 长字符串自动换行的问题 在结果页面中,我们不只在页面上显示了预测结果,还将原始序列,Native Disorder等信息显示在了页面,由于这些序...阅读全文>>

PhosphoPrediction项目总结

Overview PhosphoPrediction项目是Chris和我做的一个新项目,主要是为本地客户端程序添加一个相同功能的web server。由于出差新疆,只能晚上回酒店自己加班写代码,在Chris的帮助下,前前后后忙了大约两周总算有了个不错的小成果,心中颇感欣慰。这段时间,Chris不仅给了我技术上的指导,更给我排解了心中的许多烦恼,在此感谢我最好的朋友Chris(我知道你不喜欢...阅读全文>>