Overview 今天闲暇之余，看到了一篇关于BioPerl的博客 初品BioPerl（第三篇：从本地文件中获取fasta序列），发现BioPerl可以让很多事变得简单，fasta格式处理起来也事半功倍。 其实宋老师之前已经跟我提过BioPerl了，只不过我一直以任务为导向，觉得perl脚本就够处理，所以一直也没去了解。好东西自然马上就要用起来，我也马上装上了BioPerl，这里记录下来B...阅读全文>>

Overview 因为投稿论文的需要，我们要把PhosphoPrediction部署到Monash的云服务器(Ubuntu 14.04.3 LTS (GNU/Linux 3.13.0-74-generic x86_64))上，在宋老师申请了云服务器之后，Jerico帮忙搭建好了云服务器，帮我们装好了JDK1.8，并给了我访问权限，在部署的过程中遇到了一些问题，在这里记录一下。 1. ssh...阅读全文>>

Overview 这里只是总结一下secretepdb这个项目用到的Hibernate的特性，Hibernate本身细节极其多，不太可能全部记得下来，也没有必要去记，用到的时候去查就可以了，而且Hibernate的设计也都是很符合常理的，所以用正常的思维去想，一般都能理得顺。 1. 初识Hibernate 阅读全文>>

Overview 本文主要参考了javamail发送邮件的简单实例这篇文章。 最近和Chris在做secretepdb这个项目时，用到了发送邮件这一功能(需要用到mail.jar这个包)。经过Chris指点和自己查阅资料，还是比较顺利地完成了这一模块，特此记录一下。 该模块包含3部分：发送器(SimpleMailSender)，验证器(MyAuthenticator)和action。其中发...阅读全文>>

Overview secretepdb这个项目需要展现一些统计图表，我们使用了google的gchart，图表的数据源从数据库异步获取。这里就用到了Struts2和Jquery Ajax的集成。本身都是很规范的东西，应该不会出什么问题，但是特定条件下里面有个坑，在这里梳理一遍。 既然是Struts2跟Ajax集成，肯定也会用到Struts2本身的一些东西，可以先看看我之前写的：Struts...阅读全文>>

Overview 最近我跟Young在开发secretepdb这个项目时，遇到了很多跟Struts2和Hibernate相关的问题，在这里记录Struts2的相关信息和问题。其实Young在 PhosphoPrediction项目总结 已经总结了Struts2的很多东西，再写一篇是想把所有相关的写在一起，方便参考。 1. Struts2的配置 先去 Struts2官网 上下载一个完整的包，...阅读全文>>

Overview 今天跟Young在做secretepdb这个项目时，需要使用Hibernate连接数据库，为了方便一起开发，就直接连接了我们在阿里云服务器上的MySQL，遇到了一些问题，有些是本地数据库和远程数据库的共性问题，有些则是连接远程数据库才会遇到的问题，在这里记录，以便共享和以后查阅。 1. MySQL安装 在Ubuntu上，使用如下命令安装： sudo apt-get ins...阅读全文>>

Overview 之前跟Young一起做上一个项目时，遇到和解决了很多小的但是又很常见的编程问题，做完项目想总结一下的时候又发现这是一系列问题，没有太多明确的界限，又好像存在于编程的每一个细节中，我觉得应该统称为编程的基础。 一直说要写，可总觉得无从下笔。现在下决心尝试一下，想到哪里就写到哪里吧~ 1. 计算机的结构 现在的计算机依然采用的是冯·诺依曼提出的计算机体系结构。计算机由控制器、...阅读全文>>

Overview PhosphoPrediction这个项目是我们两个开发的第一个项目，整体进度比较快，但是因为是第一次，很多小细节花了不少的时间，当然，每一次细节的修改都有新知识的补充。 这里我主要记录下前端的一些知识点以备后面项目使用。 1. 长字符串自动换行的问题 在结果页面中，我们不只在页面上显示了预测结果，还将原始序列，Native Disorder等信息显示在了页面，由于这些序...阅读全文>>

Overview PhosphoPrediction项目是Chris和我做的一个新项目，主要是为本地客户端程序添加一个相同功能的web server。由于出差新疆，只能晚上回酒店自己加班写代码，在Chris的帮助下，前前后后忙了大约两周总算有了个不错的小成果，心中颇感欣慰。这段时间，Chris不仅给了我技术上的指导，更给我排解了心中的许多烦恼，在此感谢我最好的朋友Chris(我知道你不喜欢...阅读全文>>