Overview python程序也可以拥有C语言风格的命令行参数，例如-h/--help输出帮助信息，-i/--input提示输入文件，-o/--output提示输出文件等等。除了清晰明了，还有一个好处就是输入参数的顺序可以随意一些。 在python中，实现这个功能的函数跟C/C++中一样，也是getopt().下面用实际的代码展示一下。 1. getoptions.py 首先，我们定义...阅读全文>>

Overview 在数据挖掘(机器学习)领域，python之所以被广泛应用，与其强大的工具包关系密切。正好最近的项目里频繁地使用python处理数据，于是记录一下python的scipy numpy scikits-learn等几个常用工具包的安装及其常用函数的使用。这里只记录在ubuntu 14.04下的安装使用，Mac系统的参考Chris的另一篇文章：Mac上安装Python机器学习库...阅读全文>>

Overview 在机器学习(数据挖掘)领域，有两种算法，经常让初学者混淆，那就是：KNN分类和K-means聚类。而实际上这两种算法没有任何关系，只是名字里面都有一个K。下面，我们记录一下这两种算法，并分析一下它们的区别。 1.KNN分类 实际上KNN算法也可以用来做回归，但是我们这里只讨论分类。KNN全名是k-Nearest Neighbors，用法如下： (1).将已经分好类的样本的...阅读全文>>

Overview 在数据挖掘工作中，往往需要对得到的特征向量进行数据预处理。其中有重要的一步就是标准化(Normalization),也叫“归一化”。其目的就是为了放置得到的多个特征量纲差距过大，从而影响精度，而且也能是模型收敛速度加快。而归一化的方式一般有下面两种。更多详细内容参考维基百科：Normalization (statistics)。 1.1 重新缩放法 这个是最简单的标准化方...阅读全文>>

Overview 上一篇文章python计算smoothed PSSM（一）当中，介绍了以当前氨基酸残基为基点，左右取相同数目的序列，然后叠加计算。Chris介绍，这样的算法有特定的用场：蛋白质后修饰。但是，普通的蛋白质序列提取特征就不太适用了：因为窗口值(smoothed window)只能取奇数，而如果有偶数长度的序列片段包含有特征，这种算法就会漏掉。于是决定写一个新的python脚本...阅读全文>>

Overview 最近几天，Chris和我看了很多论文，对PSSM有了更深的认识。但是，鉴于PSSM本身包含单个位置的信息更明显，而几乎没有包含蛋白质序列片段信息，我们两人思考如何将蛋白质序列片段信息编码，终于找到了一种PSSM的处理方式，这种方式叫做smoothed window,特此记录一下。 该算法原理，请参考这篇论文：Predicting RNA-binding sites of ...阅读全文>>

Overview 机器学习算法在项目中应用的时候，有时候会用到分离fasta格式的正负样本。于是就写了一个python脚本，效果不错，记录一下。 1. separatePosNeg.py #! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # vim:fenc=utf-8 import fileinput i...阅读全文>>

Overview 做项目时出现过某些蛋白质序列出现O或者X等情况，导致计算出的PSSM矩阵也有问题。今天又遇到这种情况，在比对文件的时候，用到了两条文件操作的linux命令，记录一下。其他更多的内容参考之前Chris写的另一篇文章生物信息中常用的Linux命令。 1. 按顺序合并文件 普通的合并文件可以直接用一个cat命令，而按顺序合并多个文件必须遍历这些文件，逐个合并。命令如下： for...阅读全文>>

Overview 昨天跟Chris讨论SVM分类预测准确性的时候，知道PSSM_AC的作用比PSSM作用更明显，于是决定将以前的python脚本改进一下，输出PSSM和PSSM_AC这两个文件，方便观察。该脚本包括两部分，本文将按顺序记录下来。 以前的脚本可以参考我之前的文章蛋白质序列特征提取方法之——PSSM。 1. t34pssm.py #! /usr/bin/env python i...阅读全文>>

Overview 虽然已经用了很久的R语言，但一直没整理过，正好需要在我们的云服务器上安装R，所以一并记录下来了。下面的过程虽然是在Ubuntu 14.04上安装的，但是对于其他版本的系统，R和R packages的安装都大同小异。 1. 安装R 1.1 添加源 Ubuntu 14.04中的R版本比较旧，默认安装可能会出很多问题(我试过了)。所以最好添加一个新的源。 在etc/apt/so...阅读全文>>