Overview 之前将SecretEPDB部署到了云服务器上之后，再打开需要连接数据库的网页时总是会出现莫名其妙的错误，之前一直没管它，主要是因为这个错误不是每次都出现，出现之后刷新几次又可以访问了。 1. 错误描述 每次打开需要连接数据库的网页，就很有很大概率出现下面的错误信息： Struts Problem Report Struts has detected an unhandl...阅读全文>>

Overview 因为投稿论文的需要，我们要把PhosphoPrediction部署到Monash的云服务器(Ubuntu 14.04.3 LTS (GNU/Linux 3.13.0-74-generic x86_64))上，在宋老师申请了云服务器之后，Jerico帮忙搭建好了云服务器，帮我们装好了JDK1.8，并给了我访问权限，在部署的过程中遇到了一些问题，在这里记录一下。 1. ssh...阅读全文>>

Overview 这里只是总结一下secretepdb这个项目用到的Hibernate的特性，Hibernate本身细节极其多，不太可能全部记得下来，也没有必要去记，用到的时候去查就可以了，而且Hibernate的设计也都是很符合常理的，所以用正常的思维去想，一般都能理得顺。 1. 初识Hibernate 阅读全文>>

Overview secretepdb这个项目需要展现一些统计图表，我们使用了google的gchart，图表的数据源从数据库异步获取。这里就用到了Struts2和Jquery Ajax的集成。本身都是很规范的东西，应该不会出什么问题，但是特定条件下里面有个坑，在这里梳理一遍。 既然是Struts2跟Ajax集成，肯定也会用到Struts2本身的一些东西，可以先看看我之前写的：Struts...阅读全文>>

Overview 最近我跟Young在开发secretepdb这个项目时，遇到了很多跟Struts2和Hibernate相关的问题，在这里记录Struts2的相关信息和问题。其实Young在 PhosphoPrediction项目总结 已经总结了Struts2的很多东西，再写一篇是想把所有相关的写在一起，方便参考。 1. Struts2的配置 先去 Struts2官网 上下载一个完整的包，...阅读全文>>

Overview 今天跟Young在做secretepdb这个项目时，需要使用Hibernate连接数据库，为了方便一起开发，就直接连接了我们在阿里云服务器上的MySQL，遇到了一些问题，有些是本地数据库和远程数据库的共性问题，有些则是连接远程数据库才会遇到的问题，在这里记录，以便共享和以后查阅。 1. MySQL安装 在Ubuntu上，使用如下命令安装： sudo apt-get ins...阅读全文>>

Overview PhosphoPrediction这个项目是我们两个开发的第一个项目，整体进度比较快，但是因为是第一次，很多小细节花了不少的时间，当然，每一次细节的修改都有新知识的补充。 这里我主要记录下前端的一些知识点以备后面项目使用。 1. 长字符串自动换行的问题 在结果页面中，我们不只在页面上显示了预测结果，还将原始序列，Native Disorder等信息显示在了页面，由于这些序...阅读全文>>

Overview PhosphoPrediction项目是Chris和我做的一个新项目，主要是为本地客户端程序添加一个相同功能的web server。由于出差新疆，只能晚上回酒店自己加班写代码，在Chris的帮助下，前前后后忙了大约两周总算有了个不错的小成果，心中颇感欣慰。这段时间，Chris不仅给了我技术上的指导，更给我排解了心中的许多烦恼，在此感谢我最好的朋友Chris(我知道你不喜欢...阅读全文>>

Overview 最近在为我们的一篇论文做Online Server，我们使用了Java的Struts框架搭建了Server，并且部署到了Tomcat上，这也带来了一个问题。服务器上本来已经有了Apache，并且占用了80端口，加上Tomcat之后使用域名必须加上Tomcat的端口号访问，使用起来很不方便，Online Server的网址看起来也很奇怪。 整合Apache和Tomcat有好...阅读全文>>

Overview 最近需要用到数个Python程序处理蛋白质序列以输出特征值，而这些Python文件需要在Shell脚本中传入文本文件（该文本文件记录了某些蛋白质序列）做参数，进而依次被Shell调用。我们在Java程序中建立Shell脚本的运行时环境Runtime，这其中用到了一个类，即java.lang.Runtime，下面对该类进行探讨和记录。 1.直接运行Shell命令 java....阅读全文>>