Overview 之前项目的人遗留的数据散落在多种数据库中，既有MySQL，MongoDB，也有Cassandra和PostgreSQL。在Python3版本的jupyter中连接PostgreSQL需要安装psycopg2，而psycopg2在Python2中则是已经集成好的。 1. 安装python3-psycopg2和libpq-dev 先在Linux上安装好这两个包， sudo a...阅读全文>>

Overview Diffuser是一个基于分布式的生物序列特征生成网站，因此需要在每个单一节点安装所需的软件：ViennaRNA-2.4.8，VSL2，psipred和spineX。本文以deepamp节点为例，分别安装和配置以上4个软件。 1. 安装ViennaRNA-2.4.8 该软件用于预测RNA序列结构，安装步骤如下： wget https://www.tbi.univie.ac...阅读全文>>

Overview 之前安装过很多次的phpMyAdmin，但最近一次安装时，出现了一个之前从来没遇到的问题：访问phpMyAdmin时，主页的php页面会被不能被解析成网页，而是直接显示了页面代码。 问题描述 文字描述已经比较清楚了，就不截图了。如果想看截图，参考 phpmyadmin showing php script [duplicate]。 对比之前的安装流程，发现这次安装Apac...阅读全文>>

Overview 今天在服务器（Ubuntu 16.04）使用pip安装深度学习包Keras的时候，发现安装结束之后下面有一行提示小字，大约就是pip有新版本可以更新，使用XXX命令更新，就顺带更新了一下，更新完了pip就不能用了... 问题描述 及时是查看下pip的版本 sudo pip --version 也会报下面的错误： Traceback (most recent call l...阅读全文>>

Overview 到目前为止，我们手里已经有了10台服务器了。之前一直说要把这些服务器搭建一个分布式文件系统，现在条件终于成熟了。这些服务器预装的系统大多数是Ubuntu16.04LTS发行版的Linux，少部分是Ubuntu14.04LTS。这次我们选择5台服务器，1台feagen(118.138.241.39)服务器作为tracker，4台服务器(Bastion3(118.138.24...阅读全文>>

Overview 今天在Mac上运行一个在Windows中处理过的R脚本，不能正常运行，错误信息指向明确。 问题描述 使用./H_gr500_tune.R运行，报下面的错误： env: Rscript\r: No such file or directory 打开这个脚本，头几行内容如下： #!/usr/bin/env Rscript library(e1071) library(ply...阅读全文>>

Overview 我们团队完整的机器学习项目已经做了两个了，分别是Bastion4和Bastion6。之前两个项目上线部署的记录过于片段化，针对现在马上要做完的Bastion3项目，我们在此完整记录搭建服务器各种环境的全部流程，以备不时之需。 完整的项目基本分为三大部分：Java处理业务逻辑；Perl后台消息队列；R机器学习模型预测。每个大部分还有很多细节，我们会在每部分都详细记录。 新申...阅读全文>>

Overview 前几天忽然收到学校云服务器安全中心的邮件，说我们部署的几台服务器流量明显出现异常，可能是被攻击了，并提供了几个可能的问题。大致看了下，问题出在Strut2，这不是个特有的问题，而是涉及到多个版本的安全问题，所以在这里记录一下。 问题描述 Struts2存在远程代码执行的严重漏洞，目前Struts2官方已经确认漏洞（漏洞编号S2-045，CVE编号：cve-2017-56...阅读全文>>

Overview Bastion4这个项目经过我们实验验证和安全考虑，决定舍弃kafka而转用gearman这个消息队列框架，具体分析将在后续文章中给出，这里只记录gearman相关的安装。 1.下载安装gearman 最新版的gearman是gearmand-1.1.12。我们执行下面几步，先将其下载到本地主文件夹，并解压缩。 sudo apt-get update wget https...阅读全文>>

Overview 这次我们开发Bastion4服务器使用了JAVA+Perl的架构，后端用Perl做服务器提供Webservice，用JAVA框架Struts接收处理用户请求，再跟Perl服务器交互。 我们使用Apache2作为Perl服务器，由于Apache2默认并不支持Perl，因此需要简单配置一下，使得Apache2以CGI的方式支持Perl运行。在配置的过程中，参考了一些网页，但由...阅读全文>>