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python解析命令行参数

Overview python程序也可以拥有C语言风格的命令行参数,例如-h/--help输出帮助信息,-i/--input提示输入文件,-o/--output提示输出文件等等。除了清晰明了,还有一个好处就是输入参数的顺序可以随意一些。 在python中,实现这个功能的函数跟C/C++中一样,也是getopt().下面用实际的代码展示一下。 1. getoptions.py 首先,我们定义...阅读全文>>

python处理数据常用工具包

Overview 在数据挖掘(机器学习)领域,python之所以被广泛应用,与其强大的工具包关系密切。正好最近的项目里频繁地使用python处理数据,于是记录一下python的scipy numpy scikits-learn等几个常用工具包的安装及其常用函数的使用。这里只记录在ubuntu 14.04下的安装使用,Mac系统的参考Chris的另一篇文章:Mac上安装Python机器学习库...阅读全文>>

python计算smoothed PSSM(二)

Overview 上一篇文章python计算smoothed PSSM(一)当中,介绍了以当前氨基酸残基为基点,左右取相同数目的序列,然后叠加计算。Chris介绍,这样的算法有特定的用场:蛋白质后修饰。但是,普通的蛋白质序列提取特征就不太适用了:因为窗口值(smoothed window)只能取奇数,而如果有偶数长度的序列片段包含有特征,这种算法就会漏掉。于是决定写一个新的python脚本...阅读全文>>

python计算smoothed PSSM(一)

Overview 最近几天,Chris和我看了很多论文,对PSSM有了更深的认识。但是,鉴于PSSM本身包含单个位置的信息更明显,而几乎没有包含蛋白质序列片段信息,我们两人思考如何将蛋白质序列片段信息编码,终于找到了一种PSSM的处理方式,这种方式叫做smoothed window,特此记录一下。 该算法原理,请参考这篇论文:Predicting RNA-binding sites of ...阅读全文>>

python分离正负样本

Overview 机器学习算法在项目中应用的时候,有时候会用到分离fasta格式的正负样本。于是就写了一个python脚本,效果不错,记录一下。 1. separatePosNeg.py #! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # vim:fenc=utf-8 import fileinput i...阅读全文>>

改进计算PSSM的python脚本

Overview 昨天跟Chris讨论SVM分类预测准确性的时候,知道PSSM_AC的作用比PSSM作用更明显,于是决定将以前的python脚本改进一下,输出PSSM和PSSM_AC这两个文件,方便观察。该脚本包括两部分,本文将按顺序记录下来。 以前的脚本可以参考我之前的文章蛋白质序列特征提取方法之——PSSM。 1. t34pssm.py #! /usr/bin/env python i...阅读全文>>

python转换文件格式的一处bug

Overview 在转换fasta格式的文件为chen's format文件时,发现前人的程序有些bug,会将最后一条正样本的class标记为-1于是将程序改了一下,这下就没有问题了。 解决方案 fasta格式如下,第一行为头信息,第二行为氨基酸序列: >sp|Q2YIT7|VIRB3_BRUA2 Type IV secretion system protein virB3 OS=B...阅读全文>>