Overview 昨天写了个R语言脚本，主要是借助ROCR包画ROC曲线，只是最后画图时，没用ROCR提供的plot函数画ROC曲线，而是用ROCR处理了数据后，提取了画图的数据，用ggplot2包画了ROC曲线。因为ggplot2可以提供强大的自定义绘图功能，没想到也正是这个自定义样式函数，在移植的时候出现了一些兼容性问题。 1. 问题描述 我使用的ggplot2样式函数，是一个我已经用...阅读全文>>

Overview 有很多时候，我们需要在perl脚本中调用系统命令，比如调用系统的某个软件做一件事。也可以说是在perl脚本中调用外部命令，比如在一个perl脚本中调用另一个perl脚本。 有很多种方式可以实现这个目的，这里我列出来3中常见的方式，并以一个例子说明这三种方式的不同之处。 1. 被调用的perl脚本 我们在一个perl脚本(取名为testSystemCall.pl)中调用另一...阅读全文>>

Overview 在处理fasta格式序列的过程中，我们经常会发现得到的fasta格式并不是很标准，比如有一个fasta文件中有多条这样形式的序列： >gi|28898692|ref|NP_798297.1| hypothetical protein VP1918 [Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633]|1 MKKTTLMSAVVATLSLVGC...阅读全文>>

Overview 在 BioPerl（一）：安装BioPerl 中我们不只安装了BioPerl，还给出了一个使用BioPerl的手动构造了一个Bio::Seq对象的例子，这个对象中包含了我们手动填入的fasta格式的信息。既然可以手动构造，那么也就可以从fasta文件中读取序列信息，由BioPerl自动填充成Bio::Seq对象。 1. 使用BioPerl读取单条fasta序列 我们有一个...阅读全文>>

Overview 今天闲暇之余，看到了一篇关于BioPerl的博客 初品BioPerl（第三篇：从本地文件中获取fasta序列），发现BioPerl可以让很多事变得简单，fasta格式处理起来也事半功倍。 其实宋老师之前已经跟我提过BioPerl了，只不过我一直以任务为导向，觉得perl脚本就够处理，所以一直也没去了解。好东西自然马上就要用起来，我也马上装上了BioPerl，这里记录下来B...阅读全文>>

Overview 本文主要参考了javamail发送邮件的简单实例这篇文章。 最近和Chris在做secretepdb这个项目时，用到了发送邮件这一功能(需要用到mail.jar这个包)。经过Chris指点和自己查阅资料，还是比较顺利地完成了这一模块，特此记录一下。 该模块包含3部分：发送器(SimpleMailSender)，验证器(MyAuthenticator)和action。其中发...阅读全文>>

Overview 很久以前，安装R以及R的程序库时，遇到了一些问题，当时做了笔记，现在整理一下。 1.安装R 直接在ubuntu 12.04上安装的R版本是2.14.2，安装ggplot2总是失败。需要在软件源里添加第三方软件源 命令如下： sudo sh -c "echo deb http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/bin/linux/ubunt...阅读全文>>

Overview 最近经常需要使用到Perl处理文件，因此在此记录一下经常使用到的Perl知识。 1. Perl脚本中接受命令行参数 很多时候我们编写一个Perl脚本，都是用来处理一个文件，输出为另一个文件，例如，脚本file_converter.pl将input.txt中的格式处理之后转化为另一种格式存储在output.txt中，则通常我们的使用习惯是 ./file_converter.p...阅读全文>>