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机器学习项目服务器上线部署全流程记录

Overview 我们团队完整的机器学习项目已经做了两个了,分别是Bastion4和Bastion6。之前两个项目上线部署的记录过于片段化,针对现在马上要做完的Bastion3项目,我们在此完整记录搭建服务器各种环境的全部流程,以备不时之需。 完整的项目基本分为三大部分:Java处理业务逻辑;Perl后台消息队列;R机器学习模型预测。每个大部分还有很多细节,我们会在每部分都详细记录。 新申...阅读全文>>

ubuntu14.04安装gearman及perl扩展包

Overview Bastion4这个项目经过我们实验验证和安全考虑,决定舍弃kafka而转用gearman这个消息队列框架,具体分析将在后续文章中给出,这里只记录gearman相关的安装。 1.下载安装gearman 最新版的gearman是gearmand-1.1.12。我们执行下面几步,先将其下载到本地主文件夹,并解压缩。 sudo apt-get update wget https...阅读全文>>

配置Apache2服务器以CGI方式运行Perl程序

Overview 这次我们开发Bastion4服务器使用了JAVA+Perl的架构,后端用Perl做服务器提供Webservice,用JAVA框架Struts接收处理用户请求,再跟Perl服务器交互。 我们使用Apache2作为Perl服务器,由于Apache2默认并不支持Perl,因此需要简单配置一下,使得Apache2以CGI的方式支持Perl运行。在配置的过程中,参考了一些网页,但由...阅读全文>>

perl调用系统命令的3种方式

Overview 有很多时候,我们需要在perl脚本中调用系统命令,比如调用系统的某个软件做一件事。也可以说是在perl脚本中调用外部命令,比如在一个perl脚本中调用另一个perl脚本。 有很多种方式可以实现这个目的,这里我列出来3中常见的方式,并以一个例子说明这三种方式的不同之处。 1. 被调用的perl脚本 我们在一个perl脚本(取名为testSystemCall.pl)中调用另一...阅读全文>>

BioPerl(三):巧用BioPerl格式化fasta文件

Overview 在处理fasta格式序列的过程中,我们经常会发现得到的fasta格式并不是很标准,比如有一个fasta文件中有多条这样形式的序列: >gi|28898692|ref|NP_798297.1| hypothetical protein VP1918 [Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633]|1 MKKTTLMSAVVATLSLVGC...阅读全文>>

BioPerl(二):使用BioPerl读取fasta文件

Overview 在 BioPerl(一):安装BioPerl 中我们不只安装了BioPerl,还给出了一个使用BioPerl的手动构造了一个Bio::Seq对象的例子,这个对象中包含了我们手动填入的fasta格式的信息。既然可以手动构造,那么也就可以从fasta文件中读取序列信息,由BioPerl自动填充成Bio::Seq对象。 1. 使用BioPerl读取单条fasta序列 我们有一个...阅读全文>>

BioPerl(一):安装BioPerl

Overview 今天闲暇之余,看到了一篇关于BioPerl的博客 初品BioPerl(第三篇:从本地文件中获取fasta序列),发现BioPerl可以让很多事变得简单,fasta格式处理起来也事半功倍。 其实宋老师之前已经跟我提过BioPerl了,只不过我一直以任务为导向,觉得perl脚本就够处理,所以一直也没去了解。好东西自然马上就要用起来,我也马上装上了BioPerl,这里记录下来B...阅读全文>>

Perl处理文件Tips

Overview 最近经常需要使用到Perl处理文件,因此在此记录一下经常使用到的Perl知识。 1. Perl脚本中接受命令行参数 很多时候我们编写一个Perl脚本,都是用来处理一个文件,输出为另一个文件,例如,脚本file_converter.pl将input.txt中的格式处理之后转化为另一种格式存储在output.txt中,则通常我们的使用习惯是 ./file_converter.p...阅读全文>>