Overview 我们团队完整的机器学习项目已经做了两个了，分别是Bastion4和Bastion6。之前两个项目上线部署的记录过于片段化，针对现在马上要做完的Bastion3项目，我们在此完整记录搭建服务器各种环境的全部流程，以备不时之需。 完整的项目基本分为三大部分：Java处理业务逻辑；Perl后台消息队列；R机器学习模型预测。每个大部分还有很多细节，我们会在每部分都详细记录。 新申...阅读全文>>

Overview Bastion4这个项目经过我们实验验证和安全考虑，决定舍弃kafka而转用gearman这个消息队列框架，具体分析将在后续文章中给出，这里只记录gearman相关的安装。 1.下载安装gearman 最新版的gearman是gearmand-1.1.12。我们执行下面几步，先将其下载到本地主文件夹，并解压缩。 sudo apt-get update wget https...阅读全文>>

Overview 这次我们开发Bastion4服务器使用了JAVA+Perl的架构，后端用Perl做服务器提供Webservice，用JAVA框架Struts接收处理用户请求，再跟Perl服务器交互。 我们使用Apache2作为Perl服务器，由于Apache2默认并不支持Perl，因此需要简单配置一下，使得Apache2以CGI的方式支持Perl运行。在配置的过程中，参考了一些网页，但由...阅读全文>>

Overview 有很多时候，我们需要在perl脚本中调用系统命令，比如调用系统的某个软件做一件事。也可以说是在perl脚本中调用外部命令，比如在一个perl脚本中调用另一个perl脚本。 有很多种方式可以实现这个目的，这里我列出来3中常见的方式，并以一个例子说明这三种方式的不同之处。 1. 被调用的perl脚本 我们在一个perl脚本(取名为testSystemCall.pl)中调用另一...阅读全文>>

Overview 在处理fasta格式序列的过程中，我们经常会发现得到的fasta格式并不是很标准，比如有一个fasta文件中有多条这样形式的序列： >gi|28898692|ref|NP_798297.1| hypothetical protein VP1918 [Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633]|1 MKKTTLMSAVVATLSLVGC...阅读全文>>

Overview 在 BioPerl（一）：安装BioPerl 中我们不只安装了BioPerl，还给出了一个使用BioPerl的手动构造了一个Bio::Seq对象的例子，这个对象中包含了我们手动填入的fasta格式的信息。既然可以手动构造，那么也就可以从fasta文件中读取序列信息，由BioPerl自动填充成Bio::Seq对象。 1. 使用BioPerl读取单条fasta序列 我们有一个...阅读全文>>

Overview 今天闲暇之余，看到了一篇关于BioPerl的博客 初品BioPerl（第三篇：从本地文件中获取fasta序列），发现BioPerl可以让很多事变得简单，fasta格式处理起来也事半功倍。 其实宋老师之前已经跟我提过BioPerl了，只不过我一直以任务为导向，觉得perl脚本就够处理，所以一直也没去了解。好东西自然马上就要用起来，我也马上装上了BioPerl，这里记录下来B...阅读全文>>

Overview 最近经常需要使用到Perl处理文件，因此在此记录一下经常使用到的Perl知识。 1. Perl脚本中接受命令行参数 很多时候我们编写一个Perl脚本，都是用来处理一个文件，输出为另一个文件，例如，脚本file_converter.pl将input.txt中的格式处理之后转化为另一种格式存储在output.txt中，则通常我们的使用习惯是 ./file_converter.p...阅读全文>>