Overview 在 BioPerl（一）：安装BioPerl 中我们不只安装了BioPerl，还给出了一个使用BioPerl的手动构造了一个Bio::Seq对象的例子，这个对象中包含了我们手动填入的fasta格式的信息。既然可以手动构造，那么也就可以从fasta文件中读取序列信息，由BioPerl自动填充成Bio::Seq对象。 1. 使用BioPerl读取单条fasta序列 我们有一个...阅读全文>>

Overview 今天闲暇之余，看到了一篇关于BioPerl的博客 初品BioPerl（第三篇：从本地文件中获取fasta序列），发现BioPerl可以让很多事变得简单，fasta格式处理起来也事半功倍。 其实宋老师之前已经跟我提过BioPerl了，只不过我一直以任务为导向，觉得perl脚本就够处理，所以一直也没去了解。好东西自然马上就要用起来，我也马上装上了BioPerl，这里记录下来B...阅读全文>>

Overview 因为投稿论文的需要，我们要把PhosphoPrediction部署到Monash的云服务器(Ubuntu 14.04.3 LTS (GNU/Linux 3.13.0-74-generic x86_64))上，在宋老师申请了云服务器之后，Jerico帮忙搭建好了云服务器，帮我们装好了JDK1.8，并给了我访问权限，在部署的过程中遇到了一些问题，在这里记录一下。 1. ssh...阅读全文>>

Overview 本文主要参考了javamail发送邮件的简单实例这篇文章。 最近和Chris在做secretepdb这个项目时，用到了发送邮件这一功能(需要用到mail.jar这个包)。经过Chris指点和自己查阅资料，还是比较顺利地完成了这一模块，特此记录一下。 该模块包含3部分：发送器(SimpleMailSender)，验证器(MyAuthenticator)和action。其中发...阅读全文>>

Overview PhosphoPrediction项目是Chris和我做的一个新项目，主要是为本地客户端程序添加一个相同功能的web server。由于出差新疆，只能晚上回酒店自己加班写代码，在Chris的帮助下，前前后后忙了大约两周总算有了个不错的小成果，心中颇感欣慰。这段时间，Chris不仅给了我技术上的指导，更给我排解了心中的许多烦恼，在此感谢我最好的朋友Chris(我知道你不喜欢...阅读全文>>

Overview 我在之前写的一篇博客中谈到整理那些混乱的数据源，发现有pssm fts文件夹中的子文件夹和文件并不清楚来龙去脉，这个问题困扰了我一段时间。最近在研究PSSM算法时，与Chris交流了一下，恍然大悟：这个文件夹中的t3pssm,t4pssm,t6pssm三个子文件夹中的形如t6_12.pssm的文件族，是由t3,t4,t6这三个文件夹中的形如t6_12.fasta的文件族经...阅读全文>>

Overview PSSM算法是生物信息学领域中的一个常用算法，全名“位置特异性打分矩阵(position-specific scoring matrix)”，又称作"位置比重矩阵(position weight matrix)".有关该方法更多的细节，详见维基百科Position weight matrix.本文仅阐述其设计思想，实际项目的例子将在另一篇文章中进行介绍...阅读全文>>

Overview 最近看了几种生物信息学领域的特征提取算法，在观察了已有算法的特点之后，也想尝试着设计新的算法。这里以CKSAAP为基础，介绍一下我们想设计的算法的动机和原理。 CKSAAP的核心原理 关于CKSAAP的算法介绍详细部分可以参考Young写的 蛋白质序列特征提取方法之——CKSAAP。 CKSAAP试图统计刻画出每条序列中不同的氨基酸对出现的特征，它的核心原理可以用下面这个公...阅读全文>>

Overview 在CKSAAP(Compositon of k-spaced Amino Acid Pairs)方法中，利用在蛋白质序列片断中k个间隔距离的残基对(residue pairs)在该序列中的组成比例，建立数学模型，提取出特征向量，从而达到预测泛素(Ubiquitin)的目的。 残基(residue)和泛素(Ubiquitin)信息详见维基百科：残基和泛素，这里就不赘述了。 ...阅读全文>>

蛋白质序列处理过程中需要用到部分生物化学的知识，经过Chris的点拨和自己的查阅，现将这些基础知识记录下来。 阅读全文>>