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生物信息中常用的Linux命令(二)

Overview 做项目时出现过某些蛋白质序列出现O或者X等情况,导致计算出的PSSM矩阵也有问题。今天又遇到这种情况,在比对文件的时候,用到了两条文件操作的linux命令,记录一下。其他更多的内容参考之前Chris写的另一篇文章生物信息中常用的Linux命令。 1. 按顺序合并文件 普通的合并文件可以直接用一个cat命令,而按顺序合并多个文件必须遍历这些文件,逐个合并。命令如下: for...阅读全文>>

生物信息中常用的Linux命令

Overview 一直想把常用的命令搜集起来,以便平时用到的时候查阅,可惜一直没抽出来时间专门整理下。最近在做序列的特征提取和多个特征文件合并时,频繁使用到了一些命令,干脆一并整理到这里,以后边用边添加整理新的命令。 这里的linux命令主要在MAC 10.9.5和Ubuntu 14.04下测试,涉及到平台差异性的时候,会尽量指出来,没有区分的话就表示两种平台下都可以使用。如果仍有没涉及到...阅读全文>>