Overview

虽然已经用了很久的R语言，但一直没整理过，正好需要在我们的云服务器上安装R，所以一并记录下来了。下面的过程虽然是在Ubuntu 14.04上安装的，但是对于其他版本的系统，R和R packages的安装都大同小异。

1. 安装R

1.1 添加源

Ubuntu 14.04中的R版本比较旧，默认安装可能会出很多问题(我试过了)。所以最好添加一个新的源。

在etc/apt/source.list中添加如下信息：

deb http://<my.favorite.cran.mirror>/bin/linux/ubuntu trusty/

这里的<my.favorite.cran.mirror>换成一个适合你的镜像地址，可以从https://cran.r-project.org/mirrors.html找到所有的镜像，比如我选择了厦门大学的镜像：http://mirrors.xmu.edu.cn/CRAN/，那么在etc/apt/source.list中添加：

deb http://mirrors.xmu.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu trusty/

1.2 更新源

sudo apt-get update

不出意外会遇到一个错误：

W: GPG 错误：http://mirrors.xmu.edu.cn trusty/ Release: 由于没有公钥，无法验证下列签名： NO_PUBKEY 51716619E084DAB9

运行下面的命令：

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9

之后重新更新源：

sudo apt-get update

就可以顺利更新了。

1.3 安装

sudo apt-get install r-base

如果要从源码安装R，使用下面的命令：

sudo apt-get install r-base-dev

2. 安装 R packages

直接在命令行输入R，就可以进入R语言的命令行交互模式，使用几个命令可以快速熟悉一下R。

1. 如果你想查看一个函数的用法，比如mean函数（R中用来求均值的函数），可以使用

    help(mean)
   

   或者

    ?mean
   

2. .libPaths()，查看R中包安装的目录，在我的Ubuntu14.04下，有三个输出下面的内容：

    [1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"
    [3] "/usr/lib/R/library"
   

   说明上面三个目录都可以作为R packages安装的目录，其中，如果你在安装包时不指定，默认会安装在第一个目录/usr/local/lib/R/site-library，而/usr/lib/R/library是R自带包的所在目录。

3. library()，可以查看R中以及安装的所有包，这个函数会去.libPaths()中列出的所有目录查看，并按照目录将各种包列出来：

    Packages in library ‘/usr/local/lib/R/site-library’:
   
    digest                  Create Compact Hash Digests of R Objects
    entropy                 Estimation of Entropy, Mutual Information and Related Quantities
    FSelector               Selecting attributes
    randomForest            Breiman and Cutler's Random Forests for Classification and Regression
    RWeka                   R/Weka interface
    RWekajars               R/Weka interface jars
    Packages in library ‘/usr/lib/R/site-library’:
    rJava                   Low-level R to Java interface
    Packages in library ‘/usr/lib/R/library’:
    base                    The R Base Package
    boot                    Bootstrap Functions (originally by Angelo Canty for S)
    class                   Functions for Classification
    cluster                 Cluster Analysis Extended Rousseeuw et al.
    codetools               Code Analysis Tools for R
    compiler                The R Compiler Package
    ...
   

   这里省略了一些包，并没有全部列出来，你可能很好奇，rJava这个包为什么会比较特别，安装在了一个其他包都不在的地方。下面在介绍FSelector包安装的时候会讲到。

4. install.packages("mypackage")，用来安装的函数，默认会安装在.libPaths()列出来的第一个目录下。这个函数也提供了参数lib用来指定你要把包安装的位置。

5. library("mypackage")，载入一个已经安装的包，如果还没有安装这个包，则会报错，程序中断。

6. require("mypackage")，载入一个已经安装的包，如果还没有安装这个包，则显示警告信息，然后程序继续向下执行。（与library("mypackage")相比，require强烈不推荐）。

7. remove.packages("mypackage")，卸载package。

8. update.packages( )，更新package，可以定期执行。

9. 安装Bioconductor 包：

   Bioconductor提供了一个函数用来安装Bioconductor 包：

   • 首先，载入这个安装函数：

      source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
     

   • 之后，就可以用这个函数安装 Bioconductor 包了：

      biocLite("mypackage")
     

10. 下面还有一些方法，不太常用，列出来参考：

    下面的内容主要摘自：【R】Linux安装R语言包(Installing R packages on Linux)

    • getOption("defaultPackages")：查看启动R时自动载入的包。
    • vignette('mypackage')：有的包，特别是bioconductor的包有vignette，用函数查看
    • openVignette('mypackage')：这个函数也可以查看vignette，更好用一些
    • RSiteSearch("helpinfor")：搜索R网站上的“helpinfor”相关信息
    • help.start()：查看已经安装包的详细HTML文档
    • search()：查看当前载入的包
    • sessionInfo()：查看R中载入的包
    • methods()：查看某个S3泛型函数中所有的方法或者一个类中所有的方法（S3：S version 3）
    • showMethods(class = "myClass")：查看S4类的方法
    • findMethods("myMethods")：查看method的代码
    • class(myObject)：查看某个对象的类
    • getClass(“class/package”)：查看某个class或者包的具体内容
    • getSlots("class")：查看某个class的slot
    • slotNames(MyObject)：查看某个对象的slot。
    • Myobject@slotNames：访问对象Myobject的slot值，这个@可以连续用。

    查询包内信息：

    • ?function/method：查看某个“函数”或者“方法”的详细内容
    • class?graph::graph：查看“组”的详细内容的一个例子。这个例子的来源是查询graph包时候，查看其中class的信息，输入??graph后出现一个graph::graph-class。
    • ls("package:mypackage")：查看"mypackage"中的所有对象。

参考资料

• UBUNTU PACKAGES FOR R
• Ubuntu-14.04 安装 R 语言开发环境