Overview 有很多时候，我们需要在perl脚本中调用系统命令，比如调用系统的某个软件做一件事。也可以说是在perl脚本中调用外部命令，比如在一个perl脚本中调用另一个perl脚本。 有很多种方式可以实现这个目的，这里我列出来3中常见的方式，并以一个例子说明这三种方式的不同之处。 1. 被调用的perl脚本 我们在一个perl脚本(取名为testSystemCall.pl)中调用另一...阅读全文>>

Overview 最近在预测蛋白质序列的二级结构，结构性区域，水溶性等特征时，使用了不同的软件，发现不同软件预测结果中对同一特征的表示方式略有不同，所以在这里一并总结。 1. SCRATCH中的输出格式 我们在 SCRATCH的安装和使用 介绍了SCRATCH的安装和使用，直接使用 ./run_SCRATCH-1D_predictors.sh input_fasta out_prefix...阅读全文>>

Overview 在处理fasta格式序列的过程中，我们经常会发现得到的fasta格式并不是很标准，比如有一个fasta文件中有多条这样形式的序列： >gi|28898692|ref|NP_798297.1| hypothetical protein VP1918 [Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633]|1 MKKTTLMSAVVATLSLVGC...阅读全文>>

Overview 在 BioPerl（一）：安装BioPerl 中我们不只安装了BioPerl，还给出了一个使用BioPerl的手动构造了一个Bio::Seq对象的例子，这个对象中包含了我们手动填入的fasta格式的信息。既然可以手动构造，那么也就可以从fasta文件中读取序列信息，由BioPerl自动填充成Bio::Seq对象。 1. 使用BioPerl读取单条fasta序列 我们有一个...阅读全文>>

Overview 今天闲暇之余，看到了一篇关于BioPerl的博客 初品BioPerl（第三篇：从本地文件中获取fasta序列），发现BioPerl可以让很多事变得简单，fasta格式处理起来也事半功倍。 其实宋老师之前已经跟我提过BioPerl了，只不过我一直以任务为导向，觉得perl脚本就够处理，所以一直也没去了解。好东西自然马上就要用起来，我也马上装上了BioPerl，这里记录下来B...阅读全文>>

Overview 因为投稿论文的需要，我们要把PhosphoPrediction部署到Monash的云服务器(Ubuntu 14.04.3 LTS (GNU/Linux 3.13.0-74-generic x86_64))上，在宋老师申请了云服务器之后，Jerico帮忙搭建好了云服务器，帮我们装好了JDK1.8，并给了我访问权限，在部署的过程中遇到了一些问题，在这里记录一下。 1. ssh...阅读全文>>

Overview 这里只是总结一下secretepdb这个项目用到的Hibernate的特性，Hibernate本身细节极其多，不太可能全部记得下来，也没有必要去记，用到的时候去查就可以了，而且Hibernate的设计也都是很符合常理的，所以用正常的思维去想，一般都能理得顺。 1. 初识Hibernate 阅读全文>>

Overview 本文主要参考了javamail发送邮件的简单实例这篇文章。 最近和Chris在做secretepdb这个项目时，用到了发送邮件这一功能(需要用到mail.jar这个包)。经过Chris指点和自己查阅资料，还是比较顺利地完成了这一模块，特此记录一下。 该模块包含3部分：发送器(SimpleMailSender)，验证器(MyAuthenticator)和action。其中发...阅读全文>>

Overview secretepdb这个项目需要展现一些统计图表，我们使用了google的gchart，图表的数据源从数据库异步获取。这里就用到了Struts2和Jquery Ajax的集成。本身都是很规范的东西，应该不会出什么问题，但是特定条件下里面有个坑，在这里梳理一遍。 既然是Struts2跟Ajax集成，肯定也会用到Struts2本身的一些东西，可以先看看我之前写的：Struts...阅读全文>>

Overview 最近我跟Young在开发secretepdb这个项目时，遇到了很多跟Struts2和Hibernate相关的问题，在这里记录Struts2的相关信息和问题。其实Young在 PhosphoPrediction项目总结 已经总结了Struts2的很多东西，再写一篇是想把所有相关的写在一起，方便参考。 1. Struts2的配置 先去 Struts2官网 上下载一个完整的包，...阅读全文>>