Overview 很久以前，安装R以及R的程序库时，遇到了一些问题，当时做了笔记，现在整理一下。 1.安装R 直接在ubuntu 12.04上安装的R版本是2.14.2，安装ggplot2总是失败。需要在软件源里添加第三方软件源 命令如下： sudo sh -c "echo deb http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/bin/linux/ubunt...阅读全文>>

“ 辛克莱，当您忽然想到一些疯狂或邪恶的念头，想要把某人给杀了，或者想要犯下罪大恶极的罪行，这时您要想一想，那是阿布拉克萨斯在您内心制造的幻想！您想要杀害的绝不是一个真实的人，肯定只是一个伪装而已。假如我们怨恨一个人，我们恨的是在他形象中的某些东西，这些东西也是我们本身所拥有的。凡是我们本身没有的东西，并不能激动我们的心。”   今天是中秋节，跟我爸爸聊天时，他顺便转...阅读全文>>

Overview DISOPRED是一个蛋白质内部非结构区域的预测软件，使用DISOPRED，我们可以很方便地得到一个蛋白质序列的非结构区域信息，能够为蛋白质特征分析提供更多的信息。 1.DISOPRED的下载 去http://bioinfadmin.cs.ucl.ac.uk/downloads/DISOPRED/这里就可以下载各个版本的DISOPRED，这里我们下载最新版本的DISOPR...阅读全文>>

Overview 在读论文或者写作的过程中，免不了有大量的公式推导，因此需要在博客里添加对LaTeX公式的支持。 我们找到了一个支持typecho博客的插件MathJax，下载地址和对这个插件的使用说明都可以参考原作者的博客：MathJax 插件。 1.插件的安装 和所有其他typecho博客的插件一样，将下载下来的MathJax解压缩后，上传到你的blog目录的usr/plugins中即...阅读全文>>

蛋白质序列处理程序之前得到的数据源太乱，这些天整理并重新摆放了一下，每一步的输入文件夹后缀都有一个-in，处理程序文件夹后缀为-run，输出文件夹后缀为-out，这样条理清晰了很多，今日记录，以方便日后查阅使用。 数据处理部分共分5步： 下载并分类(set class) 多步CD-hit 正负样本1:1平衡(Dataset balance) 特征计算(feature calculation...阅读全文>>

该步骤为数据处理的第(4)步，共包含6小步。 其中前三步： 1. AAC,Amino acid composition(AminoAcidC.py) 2. SEQ,Sequence(Seq.py) 3. eft3,amino acids combination properties(involving kmp algorithm)(Eft3.py) 这前三步用到feature_calc.s...阅读全文>>

Overview 因为在使用PSIPRED和SCRATCH都使用到了BLAST，安装和使用的过程中遇到了一些问题，这里主要记录下BLAST安装和使用过程中遇到的一些问题，并没有详细记录完整的BLAST安装和使用说明，毕竟还没有直接使用BLAST，等用到的时候再详细记录。 BLAST，全称Basic Local Alignment Search Tool，即“基于局部比对算法的搜索工具”，...阅读全文>>

Overview 在对氨基酸序列进行机器学习建模时，需要对氨基酸序列做特征提取，越丰富的特征通常可以带来越精准的预测结果，因此可以由原始的氨基酸序列预测出蛋白质的2级结构，水溶性等，丰富特征提取时的特征。 SCRATCH作为UCI开发的一个套件包，提供了多种不同的蛋白质预测功能，这些预测器被打包成一个集成的套件安装包SCRATCH-1D (SCRATCH Suite of One-Dime...阅读全文>>

Overview 在对氨基酸序列进行机器学习建模时，需要对氨基酸序列做特征提取，越丰富的特征通常可以带来越精准的预测结果，因此可以由原始的氨基酸序列预测出蛋白质的2级结构，水溶性等，丰富特征提取时的特征。 PSIPRED作为一个常用的蛋白质二级结构预测工具，常见于各种蛋白质序列的预测论文中，这里主要记录一下PSIPRED的安装和使用。 其实PSIPRED官方的README文档已经很清楚了...阅读全文>>